Algumas espécies requerem grandes habitats e pequenos fragmentos não satisfazem suas necessidades. Chiarello (2000) estimou que somente fragmentos florestais superiores a 20.000 ha podem sustentar populações viáveis de médios a grandes mamíferos na Mata Atlântica. Uma revisão de literatura a respeito de habitat requerido por pequenos grupos de pássaros e mamíferos da Ecorregião Florestas do Alto Paraná mostra que, mesmo para espécies que requerem habitat relativamente pequeno (e.g., esquilos, tatus, cutias e macacos), um fragmento florestal com menos de 1.000 ha não é grande o suficiente para manter uma população viável. Para espécies que requerem grande habitat (gaviões reais, onças, antas), é necessário manter fragmentos florestais com ao menos algumas centenas de milhares de hectares (Tabela 2).

O desaparecimento de espécies de vertebrados dos fragmentos florestais tem um efeito em cascata no ecossistema, conseqüentemente afetando outras guildas de animais e até mesmo processos ecológicos, como a decomposição de excremento (Klein, 1989), polinização e dispersão de sementes. Em fragmentos florestais, a ausência de predadores pode resultar em aumento dos herbívoros, os quais podem, por sua vez, ter um efeito drástico na estrutura da floresta e na diversidade de espécies (Terborgh et al. 1999, 2001). A falta de predadores de topo de cadeia pode favorecer um aumento do número de predadores de médio porte, os quais podem resultar em maiores taxas de predação de pássaros e pequenos mamíferos (Davies et al. 2001, Terborgh et al. 1999). Este efeito pode explicar o aumento acentuado na predação do altamente ameaçado mico-leão-dourado (Leontopithecus rosalia), endêmico da região de baixada costeira do estado do Rio de Janeiro na Mata Atlântica cuja vegetação nativa se encontra altamente fragmentada (J. Dietz, comunicação pessoal).

Nossa capacidade em preservar espécies guarda-chuva, aquelas que requerem grandes habitats, será então um bom indicador para a nossa capacidade de preservar a biodiversidade intacta e os processos ecológicos. A fim de se manter comunidades e processos ecológicos intactos, é essencial preservar os maiores fragmentos florestais que ainda contêm indivíduos de espécies guarda-chuva, como onças e antas. Na Ecorregião Florestas do Alto Paraná, os fragmentos florestais isolados de cerca de 2.000 ha já perderam as onças e aqueles que estão sob forte pressão da caça também perderam muitos outros grandes mamíferos (Cullen et al. 2000). Entretanto, os fragmentos florestais com muitas dezenas de milhares de hectares ainda têm espécies guarda-chuva e muito de sua biodiversidade. Alguns exemplos são o Parque Estadual do Morro do Diabo, em São Paulo, Brasil, com 35.000 ha (Cullen et al. 2000, Valladares Padua et al. 2002) e o Parque Nacional Mbaracayú, no nordeste do Paraguai, com 59.000 ha (Zuercher et al. 2001, D. Ciarmiello, comunicação pessoal).

Com base nas necessidades territoriais de cada espécie nesta ecorregião (tabela 2; citado acima), é razoável considerarmos 10.000 ha de uma floresta bem protegida como sendo a área mínima para se considerar o remanescente como um grande fragmento.
A extensão de 10.000 ha também corresponde à área mínima necessária para um macho de onça pintada (P. Crawshaw 1994 e comunicação pessoal). Um bloco com cerca de 10.000 ha de floresta bem protegida pode conter um macho adulto e 1-2 fêmeas adultas de onça-pintada, constituindo assim a área requerida por uma unidade reprodutiva mínima desta espécie. Por estas razões, escolhemos a onça-pintada como espécie guarda-chuva para estas análises e iremos utilizar esta espécie para monitorar a eficácia de nossa Paisagem de Conservação da Biodiversidade no futuro.

Isolamento. Evidências consideráveis sugerem que, uma vez perdidas suas espécies, áreas isoladas são difíceis de serem recolonizadas. Para muitas espécies florestais torna-se difícil ou impossível transpor áreas de pastagem ou agricultura (principalmente monoculturas), que freqüentemente separam as ilhas florestais. A falta de fluxo gênico entre populações pequenas ou isoladas contribui para ampliar os efeitos deletérios da endogamia e aumenta a probabilidade de extinção (Dobson et al. 1999).
A manutenção dos corredores biológicos, conectando fragmentos florestais e permitindo a movimentação de indivíduos e o conseqüente fluxo gênico, pode reduzir os efeitos deletérios do isolamento genético (Mech & Hallett 2001).

Fragmentos florestais não são ilhas oceânicas que têm limites precisos com um ecossistema circunvizinho completamente distinto, mas são circundados por outros ecossistemas terrestres. A matriz na qual os fragmentos florestais estão localizados pode facilitar ou dificultar a conectividade entre manchas florestais. Quanto maior a semelhança entre a matriz e a floresta original, maiores serão as oportunidades das espécies nativas se dispersarem para outros fragmentos florestais. A matriz pode ainda gerar habitat alternativo para espécies generalistas se as diferenças estruturais entre a matriz e a floresta original forem pequenas (Gascon et al. 1999, Davies et al. 2001). Por exemplo, cientistas estudando besouros do esterco de florestas tropicais úmidas que vivem em fragmentos da Amazônia próxima a Manaus encontraram estas espécies em uma área vizinha desmatada – área esta que continha uma extensa vegetação secundária (Klein, 1989). Entretanto, a fim de se permitir que todas as espécies nativas dispersem entre os fragmentos florestais, estas manchas devem estar conectadas através de corredores biológicos de floresta nativa.