Na Mata Atlântica iniciou-se o primeiro ciclo econômico da colonização, com a exploração do pau-brasil, uma essência tinturial, vermelha cor-de-brasa, que deu nome à terra, tornando o Brasil o único país do mundo a ter o nome de uma árvore.

Essa madeira preciosa serviu também na construção das naus e na reconstrução de Lisboa de pois do terremoto que a destruiu quase por completo, no século XVIII. Ainda hoje a madeira do pau-brasil é considerada a melhor para a fabricação de arcos de violino, entre outros usos nobres, embora, assim como a Mata Atlântica, de onde essa espécie é endêmica, esteja seriamente ameaçada de extinção.

Para os primeiros colonizadores e também para os diversos naturalistas europeus que a conheceram, principalmente nos séculos XVIII e XIX, a Mata Atlântica, ao mesmo tempo, provocava temor e fascínio, como nos mostra Warren Dean em seu antológico livro "A Ferro e Fogo - A História e a Devastação da Mata Atlântica Brasileira".

Por um lado, era um local essencialmente hostil, com seu aspecto sombrio e labiríntico, com onças traiçoeiras e serpentes venenosas, com batalhões incontroláveis de formigas e mosquitos, em um belo, mas implacável inferno, verde, úmido e quente.

Domínio Mata Atlântica Área Original = 1.306.000 km² Remanescentes = 7,6%

Por outro lado a floresta virgem, exuberante, era a própria visão do paraíso. Palmeiras incontáveis, árvores com até 40 metros de altura recobertas por lianas, musgos, bromélias e orquídeas, belos e exóticos animais como tucanos, tamanduás, papagaios e araras multicoloridas, mutuns e inúmeros beija-flores, borboletas azuis, antas, preguiças, porcos-do-mato e uma grande diversidade de macacos e sagüis. Também os indígenas, com sua cultura tão distinta, reforçavam esse sentimento dúbio entre o prazer e o medo. Nus “como Adão e Eva”, em harmonia com a natureza rica em caça e pesca, água pura e abundante, ervas e frutas saborosas, os indígenas eram para alguns o símbolo da pureza humana. Para outros, o mito se invertia, representando povos arredios, perigosos canibais, almas ignorantes e pagãs a converter ao cristianismo e à civilização.

Para o colonizador, ainda que sensível à beleza da mata, a substituição da floresta por cultivos, pastagens e cidades era entendida com a base do “progresso civilizatório” que se buscava.

Tendo a colonização se concentrado até meados do século XX na faixa costeira, e Mata Atlântica foi de todos os ecossistemas brasileiros o mais destruído. Como em nenhuma outra área, ali desenvolveram-se os ciclos econômicos da cana-de-açúcar, do algodão e do café, seguidos já nos séculos XIX e XX por intensos processos de urbanização e expansão agrícola.

Levantamentos realizados entre 1985 e 2000 pela Fundação SOS Mata Atlântica indicam porém, que embora num ritmo menor que décadas atrás, mas ao mesmo tempo com maior gravidade devido ao estágio avançado de degradação do Bioma como um todo, a Mata Atlântica brasileira continua sendo intensamente destruída.

Depois de 500 anos de utilização contínua restam dela apenas 4% de sua área original de matas primitivas e outros 4% em floresta secundárias. Apesar de toda essa devastação a Mata ainda abriga um dos mais importantes conjuntos de plantas e animais de todo o planeta.

Evolução do desmatamento em São Paulo
Ano de 1500	Ano de 1907	Ano de 1920	Ano de 1973	Ano de 2000