A RBMA coordena, sempre em conjunto com parceiros, um grande conjunto de programas técnico-científicos e projetos demonstrativos em campo. Cabe destacar entre outros:

O Programa “Conservação e Pesquisa”, através do qual, a Reserva já colaborou para a criação de dezenas de Áreas Protegidas e sua melhor implementação.

O Programa de “Recursos Florestais”, que gerou o mais completo inventário dos aspectos ecológicos, econômicos e sociais relacionados ao uso dos recursos florestais na Mata Atlântica e promoveu o estabelecimento de padrões e a primeira certificação ambiental de um recurso nativo (erva-mate) dessa floresta.

O Programa “Águas e Florestas”, que promove a integração de políticas de gestão, conservação e recuperação de recursos hídricos e florestais na Mata Atlântica e desenvolve projetos em bacias hidrográficas prioritárias como a do Paraíba do Sul (SP/MG/RJ).

O Programa “Anuário Mata Atlântica”, que reúne, sintetiza e disponibiliza informações de qualidade sobre o Bioma com vistas à seu monitoramento permanente e às ações de mobilização e educação ambiental.

O Programa de “Políticas Públicas”, que, entre inúmeras outras ações, participa da luta pela aprovação da lei da Mata Atlântica, em discussão no Congresso e de diversas propostas no campo legal que foram desenvolvidas por iniciativa da RBMA e aprovadas pelo CONAMA – Conselho Nacional de Meio Ambiente. Entre estas está a criação do dia da Mata Atlântica (27 de maio), a Regulamentação do manejo de vários recursos nativos (palmito, araucária, bracatinga) e o estabelecimento de uma política nacional para a Mata Atlântica. A RBMA atua também como instituição mobilizadora em prol da Mata Atântica promovendo ou participando de campanhas, denunciando ameaças, apresentando moções e incentivando as contribuições de pessoas e entidades à conservação da floresta através do Prêmio Muriqui e do Prêmio de Incentivo às Iniciativas Municipais.

O Programa de “Turismo Sustentável”, que já capacitou mais de 150 jovens de comunidades locais para atuar na área, apoiou a criação de várias associações de guias de ecoturismo (monitores ambientais) e de pousadas, promoveu intercâmbio de experiências e participou da elaboração das normas de certificação do turismo sustentável no Brasil.

O Programa de “Cooperação Internacional”, através do qual o CN-RBMA vem participando de vários Grupos de Trabalho da UNESCO e parceiros (GT Agrobiodiversity, GT Emerging Ecossystems, GT Linkages in the landscape/seascape, GT Urban/MaB, GT Ecossystem Aproach/CDB, GT Quality Economy in Biosphere Reserves, etc). Essa cooperação tem ocorrido também em projetos de revisão/reestruturação do MaB e criação de grandes Reservas da Biosfera em outros países (Espanha, Chile, Uruguay, Corredor Ecológico Costa Rica-Nicarágua). A RBMA, em parceria com a COBRAMAB tem colaborado igualmente para a consolidação das Redes Regionais de RB, tendo entre outras atividades organizado no Brasil o 1º Encontro das RBs do Mercosul, em 2000 e a 7ª Reunião da Rede IBEROMaB, em 2002.

Além disso, a RBMA tem contribuído significativamente para o esforço brasileiro de obtenção de volumosos recursos internacionais para a Mata Atlântica (BID, BIRD, KfW etc), bem como para o reconhecimento e gestão de Sítios do Patrimônio Mundial neste Bioma.

O Programa de “Comunicação e Educação Ambiental” que representa uma importante contribuição da RBMA para a conservação ambiental do Brasil, através de suas publicações (livros, relatórios e série de cadernos técnicos) e amplo material de divulgação e educação ambiental, como vídeos, cartazes e outros.

Por último cabe ressaltar o papel que a RBMA desenvolve na consolidação do Programa MaB no Brasil contribuindo para a criação de outras Reservas da Biosfera no país, para o estabelecimento de uma Política Nacional de Desenvolvimento Sustentável e no fortalecimento da Rede Brasileira de Reservas da Biosfera, atualmente sob sua coordenação por delegação da COBRAMAB.