Os Sub-Comitês são estabelecidos pelo Comitê Estadual e reconhecidos pelo Conselho Nacional, ou por seu Bureau, quando as dimensões e características da RBMA no estado assim o exigirem. Têm por objetivo atender as peculiaridades regionais e ampliar a participação local na implementação da Reserva. Os Sub-Comitês dentro de sua área de atuação devem seguir as mesmas normas e atribuições definidas para os Comitês Estaduais.

Os Comitês e Sub-Comitês Estaduais da RBMA, por serem instâncias de articulação e apoio, não devem substituir qualquer órgão em suas atribuições ou competências. Tem caráter consultivo junto às instâncias e instituições que atuam na Mata Atlântica e caráter deliberativo para as questões internas da RBMA, ou para outras atribuições que lhe forem delegadas em cada estado.