O CN-RBMA conta com um Bureau para a agilização de suas atividades. O Bureau tem funções organizativas e facilitadoras, voltadas à preparação da agenda das reuniões do Conselho, à instrução dos assuntos que a compõem e à deliberação de assuntos que lhe forem delegados pelo Conselho.

É formado por 11 membros titulares sendo: 1 representante do Governo Federal, 3 representantes dos Estados das regiões abrangidas, e 4 representantes da sociedade civil (ONGs, cientistas, moradores e empresários) eleitos entre os conselheiros na mesma reunião anual do Conselho que elege a presidência. Outros dois membros convidados são escolhidos entre os conselheiros, sendo um governamental e o outro da sociedade civil. O décimo primeiro membro é o Presidente do CN-RBMA, que também preside o Bureau.

O Bureau se reune no primeiro semestre de cada ano, geralmente em maio, na sede da RBMA em São Paulo.