O Sistema de Gestão da RBMA é colegiado, participativo e descentralizado. Envolve paritariamente instituições governamentais (federais, estaduais e municipais) e entidades da sociedade civil (ONGs, universidades, comunidades locais, iniciativa privada, entre outros segmentos).

O Conselho Nacional da Reserva da Biosfera da Mata Atlântica – CN-RBMA, sediado em São Paulo, é apoiados por um Bureau e uma Secretaria Executiva. O Sistema é descentralizado através de Colegiados Regionais (NE, SE, E), Comitês e Sub-Comitês estaduais. Conta ainda com uma ONG vinculada, o Instituto Amigos da RBMA, além de Postos Avançados e outras entidades associadas, formando a mais abrangente rede de parcerias em defesa da Mata Atlântica existente no Brasil.

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