As florestas tropicais por suas condições de umidade e calor são os ecossistemas terrestres que dispõem da maior diversidade de seres vivos. Entre elas a Mata Atlântica, segundo estudos levados a efeito nas últimas décadas é a floresta que apresenta a maior quantidade de diferentes espécies arbóreas. Foram localizadas mais de 450 diferentes espécies de árvores em apenas um hectare de mata no sul da Bahia e 476 espécies em um hectare nas serras do Estado do Espírito Santo. Numa comparação simplificada existem mais plantas e animais diferentes em um hectare de Mata Atlântica do que em toda a Alemanha.

Essa condição é resultado, entre outras razões, da distribuição Norte-Sul dessa floresta e pela existência de consideráveis diferenças geológicas e de altitude nas serranias costeiras cobertas por ela. Igualmente importante foram as grandes transformações que a região sofreu em função das intensas mudanças climáticas porque passou em distintos períodos geológicos. Com isso há maior variação de climas, temperaturas, insolação e solos o que aumenta a possibilidade de evolução e diversificação de espécies.

Associados à Mata Atlântica existem também uma série de ecossistemas como os manguezais, as florestas de restinga, o jundu da beira das praias e campos de altitude que mantém com ela uma grande relação de afinidade e complementaridade e que estão igualmente sob forte pressão de ocupação.

Essa diversidade, ao mesmo tempo em que representa uma excepcional riqueza de patrimônio genético e paisagístico, torna mata extremamente frágil. A destruição de parcelas ainda que pequenas dessa floresta, pode significar a perda irreversível de inúmeras espécies, por vezes estudadas pela ciência.

Nesse importante conjunto florestal se concentram 185 das 265 espécies de animais ameaçados de extinção.no Brasil, ou seja, cerca de 70% do total deles.

Das 17 espécies de primatas da floresta atlântica 9 lhe são endêmicas e 10 estão seriamente ameaçadas.Na Mata Atlântica são conhecidas 130 espécies de mamíferos, 51 delas endêmicas, 23 espécies de marsupiais; 57 espécies de roedores; 160 espécies de aves endêmicas; 183 espécies de anfíbios, 92% delas endêmicas; 143 espécies de répteis.